Настройка прокси для программ в Ubuntu осуществляется через System-> Preferences -> Network Proxy, однако что если надо поставить программу из репозитория с помощью консоли через sudo apt-get install … но пройдя через прокси. Всё довольно просто
Подправим файлик /etc/bash.bashrc:
sudo nano /etc/bash.bashrc

Добавляем строки:
export http_proxy=http://username:password@proxyserver:port/
export ftp_proxy=http://username:password@proxyserver:port/

подставив конечно свои значения вместо
username — имя учётной записи для авторизации на прокси сервере.
password — пароль этой самой учётной записи
proxyserver — IP прокси сервера
port — порт прокси сервера
Перезапускаем консоль и можно устанавливать ПО.